הקדמה:
הכול התחיל באי הכנף, באי זה נימצא מקדש הפוקימון המעופף.
בתוך המקדש היו 17 קריסטלים, כל קריסטל היה של סוג מסוים, במקדש היה קריסטל אש וקריסטל מים וקריסטל עשב ועוד.
אתמול פרץ אל תוך המקדש דארקראי וניסה לשאוב את כל הכוח שנימצא בקריסטלים הוא הצליח אבל הגוף שלו לא המצליח לא החזיק מעמד והוא נעלם, כל הקריסטלים נשברו ואיתם האיזון בעולם הפוקימונים.
שמועות מספרות כי דארקראי השתלט על גוף של פוקימון אחד ודרכו הוא הולך להשתמש באנרגיה הגדולה שהוא קבל ולהשתלט על עולם הפוקימונים.
עכשיו צריך למצוא את הפוקימונים הנבחרים שיחזירו את הקריסטלים אל המקדש ואת האיזון לעולם הפוקימונים.