החידוש העיקרי הוא הפוקימונים במשחקים. מכיוון שאלו משחקים מהדור השלישי הם מכילים את הפוקימונים מכל שלושת הדורות, משהו שלא היה במשחקים ירוק ואדום. סדר הפוקימונים בפוקידע לא השתנה אך הפוקידע עוצב מחדש, וכעת הוא מכיל מיונים של פוקימונים ועוד. הגראפיקה במשחקים השתפרה רבות מאז משחקי הדור הראשון ועברה ממשחקים בדו מימד עלוב לדו מימד איכותי וברור. אחד הדברים העיקריים שעושים את המשחק לנוח יותר וכיף יותר הוא האפשרות של מכשיר ה-GBA לקלוט נקודות חמות ע"י שימוש בתוסף שנמצא באריזת המשחקים. הדבר הזה מאפשר למשתמשים להחליף ביניהם פוקימונים ולערוך קרבות. הצוות הרשע, צוות רוקט, נשאר כמו שהוא אך בגלל חידושים נוספים אתם תיתקלו בו הרבה יותר פעמים. החידוש הגדול במשחקים האלה הוא שבעה איים נוספים שמתפקדים כעלילה משנית. השלושה הראשונים נכללים בעלילה אבל השאר הם עלילה משנית יחד עם צוות רוקט. באי השביעי חוזר מתקן שהיה בפוקימון קריסטל, רובי וספיר, אך לא הופיע במשחקי הדור הראשון והוא מגדל הקרבות. כמו כן ניתן למצוא פוקימונים מהדורות הקודמים וניתן גם להחליף אותם בעזרת המכשיר הנוסף ל-GBA